Она была построена в период с 1602 по 1640 год священниками-иезуитами, которые отправились на Дальний Восток для распространения католичества. Действительно, иезуиты впервые вошли в Китай через португальское поселение в Макао, а церковь Святого Павла была их первой церковью на территории Поднебесной. Первоначально церковный комплекс также включал первый на то время западный университет в Восточной Азии. Сама церковь была одной из крупнейших католических церквей в Азии.
Большая часть церкви была построена из дерева, но у нее был великолепный фасад из гранитных блоков. Это единственная часть здания, которая пережила тайфун и последующий пожар, поглотивший остальную часть церкви в 1835 году. Это был третий пожар в истории церкви.
Первоначальная церковь была построена в 1580 году, но повреждалась пожарами дважды — в 1595 и снова в 1601 году, что побудило иезуитов начать восстановление. Первоначальная фронтовая стена из гранитного блока была увеличена, а вырезанный японскими христианами гранитный фасад был добавлен между 1620 и 1627 годами. После разрушившего церковь третьего пожара ее уже не восстанавливали, так как иезуиты были изгнаны Португальскими властями. Однако, стена и фасад отлично сохранились до наших дней.
Сохранившийся фасад с четырьмя колоннадными ярусами покрыт резьбой и статуями, которые иллюстрируют первые дни католической церкви в Азии. Здесь представлены статуи Девы и Святых, символы Эдемского сада и распятия, а также резьба ангелов и дьявола, китайский дракон и японская хризантема, португальский парусник и благочестивые послания на иероглифах.
Три арки в нижней части, вероятно, когда-то поддерживали высокие двойные двери. Предположительно, именно эти двери изображены на картине немецко-американского художника Вильгельма Гейне (1854 год). Он изобразил одну из закрытых дверей и колокольчики, установленные в восточных и западных арках. В 90-е годы опасно наклонившаяся структура была усилена опорой из бетона и стали. Стальная лестница позволяет туристам подниматься на верхнюю часть фасада сзади, чтобы ближе посмотреть на резьбу по камню и насладиться панорамным видом на город.
