Эта история, которую можно назвать одной из самых ярких в истории войны, редко упоминается даже в исторических отчётах о событиях Холокоста.
В 1940 году Сугихара работал вице-консулом Японии в Каунасе, который тогда был столицей Литвы. В городе была большая и процветающая еврейская община, насчитывающая около 30 000 человек. В период с 1939 по 1940 год количество евреев в городе увеличилось на несколько тысяч человек, бежавших от преследований в оккупированной нацистами Польше. Истории беженцев об ужасах, постигших евреев под властью нацистов, буквально заставляли стыть кровь в жилах местных жителей.
К сожалению, после того, Литва в июне 1940 года стала одной из советских республик, еврейское население Каунаса оказалось «запертым в ловушке» - евреи не могли покинуть страну, даже когда немцы подошли вплотную к советским границам. Сугихара, прекрасно понимавший отчаянное положение евреев, решил найти способ использовать свое положение, чтобы помочь им.
Еврейские беженцы не могли покинуть Литву и уехать на восток через советскую территорию, если у них на руках не было визы для дальнейшего путешествия. Многие направлялись к голландско-карибским островам Кюрасао и Гвиана, но для того, чтобы добраться туда в безопасности, им требовались транзитные визы через Восточную Азию.
После недолгих размышлений Сугихара решил начать выдавать еврейским беженцам транзитные визы через Японию, что позволяло им проехать через весь Советский Союз, а затем отправиться через территорию Японии на Карибские острова.
Когда всем иностранным дипломатам было приказано покинуть город, он подал заявление на отпуск, чтобы остаться еще на 20 дней, и написал своему руководству в министерстве иностранных дел Японии письмо с просьбой одобрить его план. Однако, по словам историка Ютаки Таниучи, японские власти напрочь отказались выдавать визы еврейским беженцам, если у тех не было гарантий дальнейшего выезда из Японии.
Естественно, беженцы не могли предоставить подобные гарантии, что фактически исключало возможность получения ими любого вида транзитной визы. Сугихара трижды писал начальству, умоляя помочь. Когда он получил третий отказ, то перед японцем встала дилемма: должен ли он следовать приказам или своей совести.
Сразу стоит отметить, что в японской культуре времен Сугихары безоговорочный приоритет отдавался иерархии и дисциплине, и для Сугихары вопрос о том, пойти ли против явных приказов его начальства, был действительно очень непростым. Ему грозило суровое наказание за злоупотребление своим положением и действия в нарушение приказов.
Каждый день сотни еврейских семей появлялись возле ворота японского консульства в Каунасе, умоляя Сугихару помочь им. В итоге японский вице-консул, которого поддержала в его затее жена Юкико Сугихара, начал выдавать визы.
В течение всего августа 1940 года Сугихара и его жена оформляли и выдавали транзитные визы еврейским семьям. Им приходилось работать буквально в поте лица, оформляя в среднем 300 виз в день (обычно для обработки такого количества документов требовалось около месяца). Сугихара работал круглосуточно, делая перерывы только на сон и еду, решив помочь как можно большему количеству семей.
1 сентября 1940 года Сугихара был вынужден покинуть Литву и сел на поезд, направляющийся в Берлин. Даже уже сидя в купе в ожидании отправления, он продолжал выдавать визы, бросая их через окошко в толпу, которая собралась рядом с поездом.
В последний момент он даже отдал свою консульскую печать одному из евреев, ожидающих на платформе, чтобы тот подделал разрешения на визы для оставшихся семей. Его последними словами при отправлении поезда были: «Пожалуйста, простите меня. Я не могу больше писать. Желаю вам всего наилучшего».
Никто не знает наверняка, сколько людей было спасено благодаря героическим действиям Сугихары, но, по оценкам современных историков, он выдал около 6000 транзитных виз. Также стоит учитывать, что многие визы выдавались семьям, поэтому число людей, которые фактически были спасены, на самом деле значительно выше.
В течение года после отъезда вице-консула немцы полностью захватили Литву. Каунасских евреев, которым не удалось получить визы у Сугихары, массово депортировали в концентрационные лагеря и впоследствии многих из них убили в газовых камерах.
Сугихара и его жена после войны были арестованы в контролируемой СССР Румынии, а затем в 1947 им позволили выехать в Японию, где бывший дипломат был лишен должности, звания и работы. Ему пришлось перебиваться подработками, чтобы содержать семью. Это явно отличалось образа жизни высокопоставленного дипломата, к которому он привык.
Тем не менее, Сугихара никогда не сожалел о своем решении помочь литовским евреям. Его мужественный поступок оценили только в 1984 году, когда государство Израиль назвало Сухигару «Праведником народов мира».