«К России нельзя подходить с юридическими или политическими формулировками, так как русский вопрос гораздо опаснее, чем это кажется, и мы должны применять колонизаторские и биологические средства для уничтожения славян», - говорил Адольф Гитлер в беседе с румынским министром иностранных дел Михаем Антонеску в 1941 году. Согласно разработанному нацистами Генеральному плану «Ост», на завоеванной Германией европейской части Советского Союза из всего советского населения должно было остаться лишь 14 миллионов человек, которым надлежало обслуживать интересы нового режима. Остальные подлежали либо уничтожению, либо насильственному выселению в Сибирь.
В рамках установления «нового порядка» захваченная территория Советского Союза, переданная Вермахтом гражданским властям, была поделена на так называемые рейхскомиссариаты. Немцы успели учредить «Украину» и «Остланд» (балтийские республики и Белоруссия). Планировавшиеся же рейхскомиссариаты «Кавказ», «Туркестан», «Дон-Волга» и «Московия» остались в результате контрнаступления Красной Армии лишь проектами на бумаге.
Будучи на вершине управленческой пирамиды на оккупированных территориях, немцы, тем не менее, не могли обойтись на местах без помощи коллаборационистов. В итоге была создана так называемая «новая русская администрация»: в городах появились бургомистры, а в селах старосты, «избираемые» из местных. Сотрудничавшие с врагом власти занималась контролем за своевременным осуществлением поставок продовольствия немецкой армии, поддержанием правопорядка, борьбой с партизанами и диверсантами, содержанием дорог в надлежащем состоянии, а также введением пропагандистской работы среди населения. «Чем скорее будет уничтожено еврейско-большевистское господство, тем скорее придет то счастливое будущее, которое мы уже начали создавать собственными руками», - писал главный редактор коллаборационистской смоленской газеты «Новый Путь» Константин Долгоненков (в прошлом член союза писателей СССР).
С первых дней войны крупные германские корпорации через свои филиалы, так называемые «восточные компании», стали брать под контроль оставленные советские промышленные предприятия. Большая их часть переводилась на производство военной продукции, а из Третьего Рейха ввозилось оборудование и квалифицированный персонал. Советское же население подвергалось насильственной мобилизации для тяжелого труда на строительных и сельскохозяйственных работах, добыче торфа, угля и дерева. Кроме того, около 5 миллионов советских граждан, «остарбайтеров», было вывезено в Германию в качестве рабочей силы.
Поскольку скорая победа над большевиками не состоялась, а война приняла затяжной характер, немцам пришлось вести более гибкую работу с местным населением, мотивировать его для совместного построения «Новой Европы». 27 февраля 1942 года вышло постановление Имперского министерства оккупированных восточных территорий об отмене колхозов и постепенном переходе к частнособственническим крестьянским хозяйствам. Эта реформа преподносилась как «Дар Адольфа Гитлера русскому крестьянству», часть которого действительно ненавидела советскую систему коллективного хозяйства. Однако на деле выделяемые участки так же легко отнимались в случае невыполнения постоянно увеличивающихся обязательных норм поставок, а крестьяне подвергались репрессиям. В момент отступления с советских территорий, немцы перестали соблюдать даже видимость «законности» и просто насильно реквизировали необходимый им скот и продукты.
Первые полицейские отряды из местных коллаборационистов были созданы в самом начале операции «Барбаросса». По мере того, как на фронтах увеличивались потери среди немецких солдат, а в тылу усиливалось партизанское движение, значимость этих отрядов неуклонно росла. Хорошо вооруженные и обученные, они широко применялись в карательных экспедициях против партизан, охране ключевых военных и транспортных объектов, а также в боях против Красной Армии. В 1943 году большинство воинских подразделений советских коллаборационистов вошло в состав так называемой Русской Освободительной Армии генерала Андрея Власова.
Советская разведка делала все возможное, чтобы с помощью пропаганды морально разложить коллаборационистские воинские формирования. Далеко не все шли служить немцам по своей воле, перед многими ставилась альтернатива: служба нацистам или смерть. В итоге, бойцы часто перебегали на сторону партизан. После того как 13 сентября 1943 года 781-й туркестанский батальон, состоявший в основном из узбеков, перебил всех своих немецких офицеров и перешел на сторону Красной Армии, Гитлер даже хотел разоружить все Восточные легионы и отправить их личный состав в угольные шахты, но все-таки отказался от этой идеи. В дальнейшем их старались держать подальше от советско-германского фронта и использовать против партизан на Балканах и высадившихся во Франции сил союзников.
Партизанская война стала настоящей головной болью для немецких оккупационных властей. Свыше миллиона человек воевали против врага в партизанских отрядах за весь период войны. И если в начале это были ограниченные акции по организации диверсий, небольших засад или ликвидации старост и других коллаборационистов, то уже с 1942 года значительно увеличившиеся и получившие боевой опыт партизанские подразделения уничтожают целые гарнизоны и блокируют важные транспортные пути противника. Единое командование осуществлял Центральный штаб партизанского движения, который в свою очередь координировал свои действия с руководством Красной Армии. В 1943 году он организовал масштабные операции «Рельсовая война» и «Концерт» по уничтожению железнодорожных путей в тылу противника, в которых приняло участие свыше сотни тысяч партизан.
Сталин называл эту народную борьбу «нашим вторым фронтом». Иногда партизанским отрядам удавалось освободить какую-либо часть территории в тылу врага и восстановить там советскую власть. Некоторые из таких территорий, получивших название «партизанских краев», могли занимать по площади тысячи километров и превосходить по размеру некоторые европейские государства. С приближением Красной Армии партизанские отряды вливались в ее ряды.
Для немцев антипартизанская деятельность стала одной из важнейших задач в ходе войны. Против партизан использовали коллаборационистские полицейские отряды, части Вермахта и СС, а также специальные «истребительные команды» (ягдкоманды) опытных охотников, хорошо знающих их тактику. Широко применялось использование лжепартизанских отрядов. Они либо устанавливали контакт с местным населением, выявляя расположение настоящих партизан, либо, чтобы дискредитировать их, занимались грабежом, изнасилованиями и убийствами. Помогающих и сочувствующих партизанам жестоко карали. В деревнях их повешенные на виселицах тела не разрешалось снимать неделями. 22 марта 1943 года в качестве мести за убийство нескольких немецких солдат были расстреляны и заживо сожжены 149 жителей белорусской деревни Хатынь.
Немецкая политика планомерного уничтожения евреев, цыган, коммунистов, партизан и помогающих им советских жителей, неблагонадежных элементов и открытых противников нового режима в оккупированных областях Советского Союза привела к гибели более семи миллионов человек среди гражданского населения. Четыре миллиона умерли от голода, инфекционных болезней и невозможности получить хоть какую-то медицинскую помощь. Еще два миллиона советских граждан скончались на территории Третьего Рейха, куда они были насильно загнаны на принудительные работы.