5 августа кригсмарине проинформировали Верховное командование вермахта о своей готовности после окончания активной фазы операций на Балтике выделить для этой цели флотилию шнелльботов и флотилию раумботов. При этом Штаб руководства войной на море оценивал время, необходимое на капитальный ремонт торпедных катеров и их переход из Роттердама по Рейну системе каналов и Роне до Специи, в 2–3 месяца. Для передислокации были выбраны 3-я флотилия шнелльботов капитан-лейтенанта Фридриха Кемнаде (Friedrich Kemnade) и 6-я флотилия раумботов. Переход по южнофранцузским водным магистралям был согласован с правительством маршала Петэна.
До конца сентября 3-я флотилия была сосредоточена в Вильгельмсхафене. Она состояла из катеров серии S-30 c тремя 16-цилиндровыми дизельными двигателями «Даймлер-Бенц» MB502, имевшими максимальную скорость 36 узлов при водоизмещении в 81 тонну, длине 32,7 метра и ширине 4,9 метра осадку 1,9 метра, предельно допустимую для прохода своим ходом по речным каналам. Вооружены они были 20-мм автоматической пушкой «Рейнметалл» С/30, установленной на юте (позже вторая 20-мм пушка была установлена в носовой части), и двумя 533-мм торпедными аппаратами, а также двумя рельсами на корме для сброса мин.
Флотилии была поставлена задача «прямо и косвенно защищать коммуникацию Сицилия – Триполи и проводить наступательные операции у Мальты и североафриканского побережья». По окончанию ремонта утром 7 октября первая группа в составе S-31, S-34, S-35, S-55 и S-61 направилась в Роттердам – исходный пункт для перехода на Средиземное море. 8 октября катера прибыли в пункт назначения и укрылась в бункере. Отсюда 9 октября S-31, S-35 и S-61 отправились вверх по Рейну и 12 октября прибыли в Мангейм, а 14 октября в Страсбург, куда два дня спустя подошли S-33 с S-34.
Дальнейший переход через систему каналов Рейн – Рона был чрезвычайно трудным из-за узких шлюзов, которых насчитывалось 167, и низких мостов. Для их преодоления, а также в целях маскировки, катера подверглись значительным переделкам. Мостик каждого катера срезали по высоте наполовину, так что рулевой должен был стоять под открытым небом, и вырезом кверху поместили в задней части палубы. Над передним двигателем установили толстую трубу, торпедные аппараты укрыли листами металла, а 20-мм пушки демонтировали. Наконец, шнелльботы выкрасили в чёрный цвет и подняли на них флаги вспомогательного флота, изображая катера спасательной службы. Экипажи носили гражданскую одежду, общение с незнакомцами было строго запрещено, на протяжении всего путешествия на Средиземное море запрещались почтовая переписка и отпуска.
Первая группа прибыла в Специю 18 ноября, где на неделю стала в док. 28 ноября шнелльботы достигли Гаэты, а 1 декабря пришли в свой новый пункт базирования — военно-морскую базу итальянского флота Аугуста на восточном побережье Сицилии.
Первый поход к Мальте пяти катеров 3-й флотилии в ночь на 13 декабря был направлен против базирующихся там кораблей соединения «K». Разведка сообщила о готовившемся выходе англичан, но те из гавани не вышли, и немцы прождали их в море впустую. Выход к Мальте следующей ночью с аналогичной задачей оказался столь же безрезультатным. Тогда немцы занялись минированием подходов к Ла-Валетте. Первую минную постановку у входа в Гранд-Харбор 3-я флотилия выполнила в ночь на 17 декабря, после чего до конца месяца последовали еще три операции. При этом при установке 24 якорных мин TMA, выстреливаемых из торпедного аппарата, произошло девять самопроизвольных взрывов, из-за чего использование этих мин запретили. В ночь на 19 января 1942 года последовал выход против конвоя MW8A/MW8B из Александрии на Мальту, но шнелльботы цель не нашли и вернулись в Аугусту.
Путешествие второй группы (S-54, S-56, S-57, S-58 и S-59) из Вильгельмсхафена на Средиземное море длилось куда дольше. На переходе через Северное море S-54 и S-57 из-за непогоды получили повреждения и встали в Роттердаме на ремонт. Далее низкий уровень воды в бассейне Роны задержал их продвижение с Рейна на шесть недель, так что они двинулись дальше лишь 10 января 1942 года. 15 января вторая группа прибыла в Специю и только 5 февраля – в распоряжение Кемнаде в Аугусту.
Для действий против британских перевозок через Сицилийский пролив 3-я флотилия использовала базу в Порто-Эмпедокле на юго-западном побережье Сицилии, в 120 милях от Мальты. Отсюда в ночь на 6 февраля по сообщению воздушной разведки они вышли в море, но врага не нашли и из-за плохой погоды утром ушли в Аугусту. 20 февраля флотилия снова была направлена в Порто-Эмпедокле, но снова плохая погода помешала операции, несмотря на сообщение воздушной разведки о контакте. 5 марта два шнелльбота выходили на поиск к побережью Туниса с Пантеллерии. В этот же день Штаб руководства войной на море выпустил директиву о предстоящем использовании 3-й флотилии против Тобрука с операционной базы в Дерне и тыловой базы в бухте Суда на Крите и направил её командованию группы «Юг» и Адмиралу Эгейского моря для подготовки к предстоящей передислокации.
Но, пока приказ о перебазировании не приходил, по ночам между 15 марта и 28 апреля шнелльботы 3-й флотилии выставили 12 минных заграждений, причем при постановках продолжались взрывы мин. В это время флотилия записала на свой счет первый успех — на одном из выставленных минных полей у мыса Зонкор (крайняя восточная точка Мальты), в 9 милях от Гранд-Харбора, 24 марта подорвался эскортный миноносец «Саутволд» (HMS Southwold) из охранения конвоя MW-10, защищавший от воздушных налетов подбитое вспомогательное судно «Бреконшир» (HMS Breconshire).
В это же время итальянский флот завершил свою миннозаградительную деятельность в мальтийских водах. Во второй половине дня 18 апреля эсминцы «Вивальди» и «Малочелло» (Malocello) вышли из Трапани со 156 минами на борту с задачей выставить заграждение к югу от Мальты. Проследовав к цели мимо Пантеллерии и Линозы, эсминцы в 02:26–02:55 19 апреля выставили мины и через Линозу ушли в Аугусту.
Загрузившись там 156 минами, в 13:45 20 апреля оба корабля вышли в море для постановки в том же районе. В 00:43 21 апреля на высоте 250 метров над ними пролетел «Бленхейм» и удалился в сторону Мальты. Поскольку итальянцы тут же стали перехватывать радиограммы, они посчитали, что самолет докладывает о них, и в 01:05 повернули назад. Так поставленные 19 апреля мины стали последним заграждением в мальтийских водах, сделанным итальянскими кораблями.
Плохая погода продержала немецкие шнелльботы в Аугусте до вечера 6 мая, когда капитан-лейтенант Кемнаде с S-61, S-31 и S-34 отправился ставить дополнительное заграждение на подходах к Гранд-Харбору. Этой ночью на Мальте прозвучало три воздушные тревоги – бомбардировщики «Юнкерс» Ju 88 парами сбрасывали бомбы на Гоцо, Луку, Сафи, Та-Кали и Мосту. Следовавшие в район восточнее Мальты шнелльботы в 00:16 7 мая заметили разрывы бомб на острове. В 00:41–00:50 они выставили мины в заданном районе, после чего двинулись в западном направлении. В районе операции дул слабый северо-западный ветер, видимость была хорошая.
В 01:26 с S-31 доложили о силуэте по пеленгу 310°. В 01:27 катера плотной колонной с интервалами 50 метров между на 15 узлах довернули на противника, следовавшего на северо-запад со средней скоростью. Это был ничего не подозревавший британский дозорный катер ML-130, который шёл по протраленному каналу и не обращал внимания на предупреждающие сигналы с берега.
Настигнув цель на параллельном курсе в 4,5 милях к северо-востоку от Марсаскалы, в 01:39 все немецкие катера с примерно 200 метров открыли огонь правым бортом из своих четырех 20-мм пушек. Сразу же были отмечены попадания в мостик и корму англичан. Застигнутый врасплох противник ответил только через несколько минут — в 01:43 флагманский S-61 получил прямое попадание 47-мм снаряда перед мостиком под торпедной трубой. Англичанин, однако, остановился, остался позади боевого порядка шнелльботов, и огонь немцами был прекращен.
В 01:45 шнелльботы развернулись вправо для боя на встречных курсах по правому борту. В 01:47 огонь был снова открыт уже в строю левого пеленга. ML-130 отстреливался. Пройдя ему за корму, Кемнаде в 01:51 прекратил стрелять и опять развернулся вправо для продолжения боя правым бортом. В 01:56 немцы начали обстрел уже со 100 метров, наблюдая пожары в средней и носовой части противника. В 01:57 они прекратили огонь и в последний раз развернулись вправо с тем, чтобы возобновить бой на встречном курсе по правому борту и добить врага с минимальной дистанции. После обстрела в 02:00–02:04 британец перестал стрелять и начал прожектором подавать сигналы о помощи.
В 02:15 Кемнаде повернул вправо и в мегафон потребовал сдачи, на что получил утвердительный ответ, однако флаг англичане не спустили, поскольку многие из выживших были ранены, а флажный линь перебит. Кемнаде приказал, чтобы оставшиеся на борту члены экипажа собрались на баке, что было исполнено. Отсутствие волнения позволяло снять их, став борт к борту, но опасаясь, что англичане могут подорвать сложенные на ахтердеке 12 глубинных бомб, немцы использовали резиновые лодки с S-34 и S-31.
ML-130 кренился на правый борт и горел на твиндеке под кормой. Его буксировка и привод на базу при этих обстоятельствах были весьма проблематичны, поэтому после того, как с мостика и из воды было подобрано несколько морских карт, снят двуствольный 7,7-мм пулемёт, а английский флаг наконец спустили, Кемнаде решил взорвать противника, установив два подрывных патрона на глубинные бомбы. В 03:01 глубинные бомбы были подорваны, после чего катера Кемнаде с 11 пленными во главе с лейтенантом Джолли ушли в Аугусту. У немцев в этом бою был один раненый на S-31; у англичан три члена экипажа были объявлены пропавшими без вести, еще один умер от ран в плену.
В ночь на 8 мая S-61, S-31 и S-34 выставили минное заграждение к востоку от Мальты, а вышедшие следующей ночью на минную постановку шнелльботы заметили вышедшие из гавани траулеры, но не атаковали их, имея приказ выполнить задание, не обнаруживая себя.
Во второй половине дня 9 мая немецкая воздушная разведка сообщила о «крейсере, следующем самостоятельно на Мальту» с ожидаемым временем прибытия его туда до рассвета 10 мая. Это был в крейсер-минзаг «Уэлшмен», вышедший 7 мая из Гибралтара в Ла-Валетту с 540 тоннами груза – медикаментами, продуктами питания, боеприпасами, запчастями для «Спитфайров», а также с пассажирами из числа наземного персонала Королевских ВВС. Минзаг был замаскирован под французский лидер «Леопард» и шел под французским флагом, когда в 10:00 9 мая его обнаружил разведчик Ju 88. Затем корабль в течение дня ещё трижды облетали самолеты, но из того, что в 05.30 10 мая «Уэлшмен» без особых приключений прибыл в пункт назначения, англичане сделали вывод, что маскировка сработала.
На самом деле «Уэлшмен» был опознан, и немецкое военно-морское командование направило на перехват 3-ю флотилию шнелльботов. Согласно плану операции, S-54, S-56, S-57 и S-58 поджидали минзаг у залива Сент-Томас на юго-восточном побережье Мальты. S-61, S-31 и S-34 сначала ставили минное заграждения у мыса Слима у северного входа в гавань Ла-Валетты, а затем должны были отойти на восток и атаковать «Уэлшмен» торпедами, если он будет следовать в Гранд-Харбор с северо-востока.
Шнелльботы покинули Аугусту 9 мая в 22:00. В 04:14–04:21 группа минирования поставила в заданном районе 20 мин и восемь минных защитников и двинулась было на восток, когда S-31 налетел на одну из только что выставленных мин, которая сорвалась с якоря и всплыла. В 04:38 катер затонул, погибло 13 человек, столько же уцелели и были спасены быстро подошедшим S-61. Взрыв произошёл в миле от берега, и англичане прожекторами принялись обшаривать прилегающие воды, но шнелльботы уже ушли на юго-восток. Затем S-61 и S-34 выпустили четыре торпеды в крейсер, прошедшие мимо цели — на «Уэлшмене» ни вражеских катеров, ни выпущенных торпед не заметили, зато большой переполох вызвала подсечка правым параваном двух мин при входе в Гранд-Харбор.
Вторая группа шнелльботов имела безуспешную стычку с траулером «Берил», с которого заметили следы трех торпед, и дрифтером «Трасти Стар», после чего отошла на северо-восток.
Разгрузившись до 13:30 под прикрытием дыма из им же доставленных генераторов, «Уэлшмен» уже в 21:30 10 мая благополучно покинул Ла-Валетту. Не столь успешно закончился вечерний выход тральных сил – все тральщики вернулись в гавань в 02:30, но буксир C.308 около 03:00 11 мая подорвался на мине и затонул с девятью погибшими членами экипажа.
Новый выход шнелльботов 3-й флотилии на минирование последовал в ночь на 17 мая: S-59, S-34, S-58 и S-35 ставили заграждение близко к берегу Мальты. Вскоре после 01:00 англичане услышали звук работающих двигателей у берега в северной части острова и включили прожектора, но никого не заметили, хотя одна из батарей выпустила два снаряда по невидимой цели. В 02:04 «четыре катера попали в лучи прожекторов и были обстреляны орудиями форта Тигне с 10 000 ярдов». Немцы скрылись за дымовой завесой, но через несколько минут вновь попали в лучи прожекторов и были обстреляны с фортов Тигне и Рокко, которые выпустили 22 снаряда. Немцы снова прикрылись дымом и скрылись в северном направлении.
Однако уйти удалось не всем — S-34 получил прямое попадание в машинное отделение. Три члена экипажа погибли, остальных взял на борт S-59, после чего катер пытались затопить подрывными зарядами – в 02:35 по пеленгу 050° от форта Сан-Эльмо англичане зафиксировали взрыв. Поскольку катер не тонул, немцы сообщили об этом на базу и ушли из опасных вод. С рассветом англичане заметили катер без хода в 10 000 ярдов к востоку от Сан-Эльмо и обстреляли его с форта Рокко, претендуя на ещё одно прямое попадание. Затем поочерёдно неподвижную цель атаковали «Харрикейны» и специально вызванные «Мессершмитты» Bf 109, которые и добили дрейфующий катер.
После 24 минных постановок, в ходе которых было выставлено 557 мин и 416 защитников, деятельность шнелльботов в районе Мальты была приостановлена — 18 мая поступил приказ готовиться к перебазированию в Северную Африку. Уже 21 мая S-54, S-56, S-57, S-58 и S-59 ушли в Наварин с тем, чтобы через бухту Суда достичь Дерны, где при поддержке армейских инженеров была подготовлена база с бункерами для катеров, складами и казармами. 23 мая из Ливорно через Аугусту вслед за ними отправились четыре остальных шнелльбота флотилии.
Британские тральные силы каждый день выходили в море. Так как истребители Королевских ВВС взяли под контроль ситуацию в воздухе, возобновились выходы в светлое время суток. Рано утром 24 мая группа траления — «Эдди», «Сент Анджело» (St Angelo), «Берил», «Свона» и «Трасти Стар» — под покровом темноты вышла из Гранд-Харбора для расчистки фарватера к северу от Ла-Валетты, но из-за неблагоприятных погодных условий работы пришлось свернуть; была обезврежена только одна мина. В 16:30 на обратном пути в порт, в миле от мыса Сан-Эльмо дрифтер «Эдди» налетел на дрейфующую мину и затонул; погибло восемь из 19 членов экипажа.
30 мая наступил черед буксира «Сент-Анджело» – выйдя из гавани вместе с траулерами «Берил», «Свона» и дрифтером «Трасти Стар», он уничтожил шесть мин, но на обратном пути в менее чем в миле от мола подорвался и затонул с четырьмя членами экипажа.
10 июня «Берил», «Свона» и «Трасти Стар» вышли на очередное траление, которое для «Трасти Стара» оказалось последним – при возвращении в 16:40 в 3 милях к северо-востоку от Сан-Эльмо он подорвался на мине и затонул. ML-126, который в это время занимался тралением входного фарватера в Гранд-Харбор, был «атакован тремя Bf 109, но сбил один из них и повредил другой», при этом командир и три матроса получили легкие ранения от обстрела с воздуха.
Помощь была близка. 12 июня из Гибралтара вышел конвой «Гарпун», вместе с которым на Мальту следовали четыре флотских тральщика 17-й флотилии лейтенанта-коммандэра Питера Дорана (Peter Doran) — «Спиди» (Speedy), «Хайт» (Hythe), «Рай» (Rye) и «Хиби» (Hebe) и остальные шесть катеров типа ML 3-й флотилии.
Из-за задержки в результате боя у Пантеллерии остатки конвоя подошли к Мальте уже в темноте 15 июня. Крейсер ПВО «Каир» и эсминцы сопровождения вместо того, чтобы отправиться на запад и под покровом темноты форсировать Сицилийский пролив, теперь вынуждены были идти в Ла-Валетту для пополнения боеприпасов. Далее, тральщики и катера из состава охранения конвоя не имели представления о своих обязанностях по расчистке подходов к гавани — это попросту не было спланировано на совещании перед походом в Гибралтаре. Ко всему, командующий на Мальте вице-адмирал Ральф Литам (Ralph Leatham), заменивший Форда 20 января, дал недостоверную информацию о направлении фарватера, а командир конвоя кептэн Харди (C.C. Hardy) отказался ждать тральщики, находившиеся в хвосте ордера.
В результате всего этого конвой попал на итальянское минное поле у самого входа в гавань. Судно «Орари» (Orari) подорвалось на мине в 360 м от мола, но осталось на плаву. Польский эскортный миноносец «Куявяк» (Kujawiak) подорвался и затонул до того, как его смогли взять на буксир; погибло 13 членов экипажа. Эсминец «Матчлесс» (Matchless), эскортный миноносец «Бэдсуорд» (Badsworth) и тральщик «Хиби» также подорвались на минах, но, несмотря на тяжелые повреждения (последний вошел в гавань с 8-футовой пробоиной над килем в левом борту и поврежденным правым винтом), добрались до гавани.
А 16 июня при возвращении в гавань подорвался и затонул дрифтер «Джастифайд», выполнявший в эту ночь роль плавучего маяка для судов конвоя.
Уже 17 июня «Спиди», «Хайт» и «Рай» («Хиби» поставили в ремонт) приступили к расчистке входных фарватеров в Гранд-Харбор. К концу месяца тральщики и катера протралили проход длиной три мили, при этом было обезврежено 60 мин. В июле тральщики довели число обезвреженных мин до 200. Уже 5 июля вице-адмирал Литам сообщил, что остров снова можно использовать для базирования подводных лодок. К 12 июля фарватер был очищен от мин, 20 июля из Гибралтара пришла P-42, а 22 июля из Александрии другие лодки 10-й флотилии. К началу операции «Пьедестал» в Ла-Валетте базировалось восмь британских субмарин типа U. Тральщики сопровождали их при выходе из гавани на задания и на входе неё, а также постоянно чистили фарватер для безопасного прохода быстроходных минзагов с грузами для острова.
В первые восмь дней августа тральщики обезвредили 27 мин. А в завершающей фазе операции «Пьедестал» мальтийские тральные силы — четвре тральщика 17-й флотилии и 7 катеров МL 3-й флотилии, обеспечили проход в Ла-Валетту избежавших гибели судов конвоя. Рано утром 13 августа все четыре тральщика с командующим тральными силами на Мальте коммандером Джеком Дж. Джеромом (Jack J. Jerome) на «Спиди» вместе с катерами МL 3-й флотилии вышли в море, чтобы встретить добравшиеся до острова четыре судна. Танкер «Огайо» (Ohio) потерял ход и Джером направил к нему «Рай» и два МL, а сам с остальными кораблями привел «Порт Чалмерс» (Port Chalmers), «Мельбурн Стар» (Melbourne Star) и «Рочестер Кастл» (Rochester Castle) в Ла-Валетту около 18:00. В 08:55 следующего дня «Спиди», «Хиби», «Хайт» и три МL вышли на соединение с «Раем», который буксировал огромный танкер. В это время эсминец «Пенн» (Penn) и эскортный миноносец «Ледбери» (Ledbury) из охранения конвоя присоединились к буксировке и общими усилиями потащили было почти неуправляемый «Огайо», но в 10.40 последовала очередная атака с воздуха, танкер получил новые повреждения и потерял буксирный конец с «Рая». В 12:45 помощью эскортного миноносца «Брэмхэм» (Bramham) буксировка была возобновлена, подошедшие корабли Джерома образовали вокруг «Огайо» ордер ПВО. Затем подошел мальтийский буксир и потащил танкер спереди, а «Рай» тралил перед ним проход. В 09:30 15 августа тральщики и многострадальный «Огайо» с 10 000 тоннами горючего вошли в Гранд-Харбор. «Брисбен Стар» (Brisbane Star) с изувеченным от попадания торпеды носом самостоятельно пришёл сюда же 14 августа.
Для мальтийских тральщиков операция «Пьедестал» была последним серьёзным испытанием. Работая при постоянной поддержке с воздуха, им больше не пришлось сталкиваться с угрозой нападений вражеской авиации. До конца сентября 17-я флотилия обезвредила свыше 300 мин, а 3-я флотилия ML до конца октября — 100 мин.
Самолётов-минёров стало намного меньше, а вернувшиеся на Сицилию шнелльботы 3-й флотилии только в ноябре возобновили минные постановки в мальтийских водах. В ночь на 3 ноября семь шнелльботов попытались минировать подходы к Ла-Валетте, но были заблаговременно обнаружены РЛС и обстреляны береговой артиллерией, в результате чего мины выставили к югу от островка Филфа, что к югу от Мальты. Ночами на 4 и 7 ноября ситуация повторилась. Это были последние выходы шнелльботов на минирование к Мальте. С началом операции «Торч» они были передислоцированы в Западное Средиземноморье.
Тральные работы в мальтийских водах продолжались. В ноябре-декабре вытралили минное поле у Филфы, уничтожив 33 мины. По состоянию на конец января 1943 года 17-я флотилия обезвредила 357 мин. В феврале не нашли ни одной мины, а в марте в 5 милях к юго-западу от Филфы обнаружили еще одно минное поле и вытралили 20 мин. До конца апреля число обезвреженных мин было дошло до 419. 15 мая, ликвидируя вместе с ML небольшое итальянское минное поле близ Сан-Эльмо, подорвался «Спиди» который простоял в ремонте два месяца.
К началу операции «Хаски» мальтийские воды были очищены от мин. 8 августа 1943 года 17-я флотилия покинула Ла-Валетту.