Обустраивать здесь, на месте скита, монастырь начал в конце XVIII века ректор Троице-Сергиевой семинарии, митрополит Платон.
Жемчужиной монастыря стал совсем небольшой, но просто удивительный по своей задумке собор – Спасо-Преображенский. Он был построен в 1780-х годах в виде двухъярусного, «овального» здания. Его миниатюрность, округлость и сама архитектура должна была напоминать о раннехристианских храмах. Внутри это сходство усиливала колоннада, поддерживающая хоры верхнего яруса, которая позже была заменена на консоли.
По задумке отца Платона, у собора два престола. Верхний напоминает о Преображении Господнем и, соответственно, так и называется, а нижний олицетворяет место, где воскресили Лазаря. Мудрый митрополит видел в этом символичность: «Так, выходя из гроба воскресением, восходим мы в храм славы, преобразуясь из тления в нетление». Он объяснял, что человеку нельзя удостоиться преображения, пока он не удостоился воскресения, и называл это «союз таинственный».
Свой замысел Платон воплотил в совершенно невероятном внутреннем убранстве храма, аналогов которому, скорее всего, нет на Земле.
Нижний престол, расположенный в алтаре, выглядит как пещера благодаря соответствующе оформленной стене. Как сказано в Евангелие, именно в пещере похоронили праведного Лазаря (таков был древний иудейский обычай). А поскольку над пещерой возвышалась гора Фавор, внутри собора воссоздали и ее – «макет» покрыли мхом и украсили цветами, на горе можно видеть искусственные растения. Согласно задумке Платона, гору венчает алтарь верхнего храма.
В дореволюционные времена такое устройство собора помогало прихожанам, не все из которых читали Евангелие (многие были неграмотны), узнать и наглядно представить те далекие события.
Как и при отце Платоне, современные верующие в этом храме причащаются по-особому: чтобы принять Святые Дары, надо подняться по ступенькам на верхний ярус – словно на гору Фавор.
В XIX веке у собора появились более современные пристройки, здесь возвели новую колокольню, башню.
Советские и современные годы
После революции монастырь серьезно пострадал. Обитель упразднили, и монахам предложили остаться в качестве работников созданной здесь сельхозартели, однако и ее несколько лет спустя тоже упразднили.
В некоторых постройках монастыря разместили детдом, в митрополичье здание свезли экспонаты местного музея. А в начале 30-х на землях монастыря открыли птицекомбинат.
Преображенский храм, дом батюшки Платона, Святые врата обители, колокольню, ограду разобрали. Разрушили даже монастырский некрополь. А в расположенном на территории обители Тихвинском храме устроили инкубатор, предварительно обезглавив церковь. Позже в здании стали проводить танцы. А корпус семинаристов отдали под кожвендиспансер.
Спасо-Вифанскую обитель вернули в ведение Сергиевой Лавры и стали восстанавливать только к началу 1990-х годов. Реставраторам пришлось по крупицам воссоздавать почти полностью разрушенные строения. Эти работы идут до сих пор.
Возродили и Спасо-Преображенский собор. Теперь здесь снова все выглядит так, как было задумано отцом Платоном. Верхний иконостас восстановлен относительно недавно.