По современным данным потери Советской Армии в афганской войне составили 14427 человек погибшими и пропавшими без вести. Кроме того, погибли 180 советников и 584 специалиста других ведомств. Контужено, ранено или травмировано было более 53 тыс. человек.
Точное число погибших в войне афганцев неизвестно. Наиболее часто встречается цифра в 1 млн погибших; имеющиеся оценки колеблются от 670 тыс. гражданских лиц до 2 млн в общем. По данным гарвардского профессора М. Крамера, американского исследователя афганской войны: «В течение девяти лет войны были убиты или покалечены более 2,7 миллионов афганцев (в основном гражданские лица), еще несколько миллионов оказались в рядах беженцев, многие из которых покинули страну». Четкого разделения жертв на солдат правительственной армии, моджахедов и мирных жителей, по всей видимости, не существует.
За мужество и героизм, проявленные в ходе войны в Афганистане, более 200 тыс. военнослужащих были награждены орденами и медалями (11 тыс. награждены посмертно), 86 человек удостоены звания Героя Советского Союза (28 посмертно). Среди награжденных – 110 тысяч солдат и сержантов, около 20 тысяч прапорщиков, более 65 тысяч офицеров и генералов, более 2,5 тысяч служащих СА, в том числе – 1350 женщин.
За весь период боевых действий в афганском плену побывало 417 военнослужащих, 130 из которых в течение войны были освобождены и смогли вернуться на Родину. По состоянию на 1 января 1999 года в числе не вернувшихся из плена и не разысканных оставалось 287 человек.
За девять лет войны потери техники и вооружения составили: самолетов – 118 (в ВВС – 107); вертолетов – 333 (в ВВС – 324); танков – 147; БМП, БТР, БМД, БРДМ – 1314; орудий и минометов – 433; радиостанций и КШМ – 1138; инженерных машин – 510; автомобилей бортовых и автоцистерн – 11 369.
Правительство в Кабуле все время войны находилось в зависимости от СССР, который в период с 1978 по начало 1990-х годов предоставил ему военную помощь в размере около 40 млрд долл. Тем временем повстанцы завязали контакты с Пакистаном и США, а также получили широкую поддержку со стороны Саудовской Аравии, Китая и ряда других государств, которые в совокупности выделили моджахедам оружия и прочего военного снаряжения на сумму около 10 млрд долл.
7 января 1988 года в Афганистане на высоте 3234 м над дорогой в город Хост в зоне афгано-пакистанской границы произошел ожесточенный бой. Это было одно из наиболее известных боевых столкновений частей Ограниченного контингента советских войск в Афганистане с вооруженными формированиями афганских моджахедов. На основе этих событий в 2005 году в РФ был снят фильм «Девятая рота». Высоту 3234 м защищала 9-я парашютно-десантная рота 345-го гвардейского отдельного парашютно-десантного полка общей численностью 39 человек при поддержке полковой артиллерии. Советских бойцов атаковали части моджахедов численностью от 200 до 400 человек, прошедшие подготовку в Пакистане. Бой продолжался 12 часов. Моджахедам так и не удалось захватить высоту. Понеся большие потери, они отступили. В девятой роте погибло шестеро десантников, 28 получили ранения, из них девять – тяжелые. Все десантники за этот бой награждены орденами Боевого Красного Знамени и Красной Звезды. Младший сержант В. А. Александров и рядовой А. А. Мельников посмертно удостоены звания Героя Советского Союза.
Самый известный бой советских пограничников во время войны в Афганистане произошел 22 ноября 1985 года у кишлака Афридж в Зардевском ущелье горного массива Дарайи-Калат на северо-востоке Афганистана. Боевая группа пограничников Панфиловской заставы мото-маневренной группы (в количестве 21 человек) попала в засаду в результате неправильной переправы через реку. В ходе боя погибли 19 пограничников. Это были самые многочисленные потери пограничников в афганской войне. По некоторым данным количество участвовавших в засаде моджахедов составило 150 человек.
Существует устоявшееся в постсоветский период мнение, что СССР потерпел поражение и был изгнан из Афганистана. Это неправда. Когда советские войска покинули Афганистан в 1989 году, они сделали это в результате хорошо спланированной операции. Причем операция проводилась сразу по нескольким направлениям: дипломатическому, экономическому и военному. Это позволило не только сберечь жизни советских солдат, но и сохранить афганское правительство. Коммунистический Афганистан продержался даже после падения СССР в 1991 году и только тогда, с потерей поддержки от СССР и усиливающихся попыток со стороны моджахедов и Пакистана, началось сползание ДРА на встречу поражению в 1992 году.
В ноябре 1989 г. Верховный Совет СССР объявил амнистию в отношении всех преступлений, совершенных советскими военнослужащими в Афганистане. По данным военной прокуратуры, с декабря 1979 г. по февраль 1989 г. в составе 40-й армии в ДРА к уголовной ответственности были привлечены 4307 человек, на момент вступления в силу постановления ВС СССР об амнистии в местах лишения свободы находились более 420 бывших воинов-интернационалистов.